RNA 甲基化是表观遗传学内容的重要内容之一， 其中 m6A（N6-methyladenosine，6- 甲基腺嘌呤）是较为常见的一种修饰方式。m6A修饰在真核生物中非常保守，从酵母、植物到高等动物中都广泛存在，甚至在某些病毒的RNA中也有发现。MeRIP-seq实验方法的建立使得我们有机会对该修饰的分布和功能进行深入研究，其原理为通过特异识别m6A修饰的抗体，对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀。通过对沉淀下来的RNA片段进行高通量测序，进而结合生物信息学分析，即可全基因组范围内对m6A修饰的状况进行系统研究。
N6-甲基腺苷修饰调控mRNA的稳定性
N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability
N6甲基腺苷修饰是高等真核生物最普遍的RNA修饰，虽然该修饰被发现与细胞的形态和发育相关，但其具体的调控方式却一直未被报道。
本研究主要结果如下：
1.对YTHDF家族成员对m6A的亲和力进行了检测，发现该家族成员富集结合具有m6A修饰的RNA，且YTHDF2对m6A修饰的RNA的亲和力是未被修饰RNA的16倍。
2.为了确定哪些mRNA中的哪些腺苷酸发生了m6A修饰，进行了MeRIP-seq；同时基于YTHDF2对m6A-RNA高亲和力的特征，对YTHDF2蛋白进行了PAR-clip实验和RIP-seq实验，来系统鉴定细胞内m6A的特征及其被YTHDF2结合的特征。作者发现，YTHDF2结合的RNA中，有59%可以在MeRIP-seq中检测到。且YTHDF2蛋白结合的mRNA, m6A在的终止密码子和3’UTR区具有很强的富集，暗示其可能调控mRNA的翻译和稳定性。
3.通过Ribosome Profiling和转录组测序对YTHDF2结合和m6A-RNA的翻译、稳定性进行研究，发现YTHDF2敲除之后，mRNA的稳定性大大提高，但核糖体结合的RNA却并无升高，说明本由YTHDF2结合的RNA并未进行翻译；密度梯度离心结果也证实，YTHDF2蛋白位于非核糖体组分中。这些结果表明，YTHDF2结合m6A-RNA，并抑制这些RNA进入翻译机器，同时降低mRNA的稳定性。
4.为了弄清YTHDF2介导的mRNA不稳定的机制，对YTHDF2及其删除突变在细胞内的定位进行了研究，发现YTHDF2定位在P-body中，且该蛋白的C端对其定位非常重要。这也很好的解释了YTHDF2调控m6A-mRNA稳定性的机制。
结论: m6A-RNA会被YTHDF2识别，并介导这些RNA定位到p-body中，从而使其被降解, 因此m6A修饰可以调控mRNA的翻译和稳定性。该工作首次真正意义上揭示了m6A调控基因表达的一种作用机制，但其他的作用方式尚有待我们去研究。
部分结果展示：
对YTHDF2蛋白进行了PAR-clip实验和RIP-seq实验，鉴定和YTHDF2结合的RNA。进行MeRIP-seq，确定哪些mRNA中的哪些腺苷酸发生了m6A修饰。发现，YTHDF2结合的RNA中，有59%可以在MeRIP-seq中检测到。且YTHDF2蛋白结合的mRNA, m6A在的终止密码子和3’UTR区具有很强的富集，暗示其可能调控mRNA的翻译和稳定性。
图1. YTHDF2选择性结合含有m6A修饰的RNA
Wang, X., et al., N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability. Nature, 2014. 505(7481): p. 117-20.
